然而，吴三姑所处的时代正值鸦片战争爆发之际，社会动荡不安，百姓生活困苦。更为严重的是，鸦片的泛滥给老百姓带来了极大的毒害。为了解决这一问题，太平府决定推行戒烟令，希望能够帮助烟民戒除烟瘾，恢复健康。
太平府的知府听闻了吴三姑的大名，对她的医术和医德深感钦佩。于是，他亲自邀请吴三姑进入官医院担任官医，专门负责为那些烟瘾严重的烟民戒烟。
吴三姑接受了官府的邀请，其实她对鸦片也是深恶痛绝，于是就想试一试鸦片之毒到底能不能彻底清除，以便让那些瘾君子摆脱鸦片之毒瘾。
进入官医院后，吴三姑凭借着自己丰富的医学知识和经验，迅速投入到戒烟药剂的研制工作中。经过反复试验和调配，她终于成功地配制出了一种专门用于戒烟的药剂。
这种药剂效果显着，那些有烟瘾的烟民在服用后，身体逐渐恢复正常，烟瘾也慢慢减轻。在吴三姑的精心治疗下，越来越多的烟民成功戒除了烟瘾，重新过上了健康的生活。
吴三姑戒烟药剂的成效轰动了整个太平府，知府大喜，决定大力推广。然而，这一举措却触动了鸦片贩子的利益，他们背后的可是腐败官场才是造成鸦片泛滥的原因，因此有了腐败庇护，鸦片也是屡禁不止。
禁烟不到半年时间，太平府的知府在无形压力下，他也开始动摇了信心。尤其在他得知林则徐被罢官发配去了伊犁，他知道禁烟运动失败了。
一天，太平府的知府找到了吴三姑，他把取消禁烟令的决定告诉了吴三姑。那个时候，吴三姑也是洞悉到了官场的腐败黑暗，她就是请辞离开了官医院。
吴三姑回到了家乡，她却把鸦片的危害告知了乡亲们，鸦片毒害其深，长期吸鸦片会让身体变得虚弱，并留下严重后遗症。
家乡的老百姓还是相信吴三姑的，于是在吴三姑的规劝下，一些吸鸦片的烟民开始服用吴三姑配制的药剂来戒烟。
鸦片战争过去不久，南方地区又是出现了农民起义。随着金田村的一声呐喊，点燃了反抗的烽火，无数贫苦百姓怀着对公平、理想社会的渴望，纷纷响应。
虽然官府不断派兵镇压，但百姓的反抗也越来越强。起义军们身着质朴的服饰，手持简陋的武器，一路势如破竹。他们以无畏的勇气对抗腐朽清廷的军队，所到之处，清军望风披靡。
这时候领导农民起义的人是洪秀全，洪秀全多次参加科举考试不中，后来开始信奉天主教，他以“拜上帝会”之名，号召民众反抗清朝统治，他宣扬平等、公正，吸引了众多受苦百姓加入。
洪秀全振臂高呼，起义军占领了永安城。永安建制，太平天国诞生。
太平天国的起义队伍很快发展壮大起来，接着太平军攻占了南京，南京就成了太平天国的都城，并更名为天京。
天京的定都，是太平天国辉煌的顶点。城内热闹非凡，秩序井然，百姓各司其职。天王府的建筑宏伟壮丽，彰显着太平天国的威严与雄心。然而，繁华背后，内部的矛盾也悄然滋生。权力的争斗，理念的分歧，如隐藏在暗处的利刃，逐渐削弱着这个新生政权的力量。
外部，清军与列强勾结，对太平天国形成合围之势。在激烈的战争中，太平军将士浴血奋战，坚守每一寸土地。但终因敌众我寡，内忧外患，曾经辉煌一时的太平天国运动，还是在血雨腥风中落下帷幕。
在这场太平天国运动中，吴三姑不能独善其身，她也是被迫卷入了双方斗争的漩涡之中。
战争有大量的士兵阵亡，而战争也是苦了百姓。
在太平军与清军的交战中，太平军曾两次攻占太平府，太平府作为天京的南方屏障具有重要的战略意义。太平军占领太平府不久，结果都被清军重新夺回来，而天京也失去了重要的战略要地，其得失直接影响了太平天国的军事行动。
太平军第一次占领太平府时候，吴三姑为了躲避战争离开了太平府，待到清军夺回太平府后，吴三姑才返回了家。她认为家里这里已经不安全了，于是建议家族的人往北迁徙，就这样大多数的家人往北来到了南岭县城。
当太平军第二次攻占太平府，接着后来清军围攻太平府，太平府就成了两军交战的战场。本是富裕的太平府，在战争中被破坏的千疮百孔，老百姓流离失所，也有很多人被抓了壮丁。
在清军重新夺回太平府以后，这里的淮军有太多的伤员需要治伤，于是淮军将领开始到处找寻能治病的郎中。
吴三姑这时候挺身而出，她作为医者不能见死不救，在她眼里只有病人，于是她就请到了淮军的军营中，成为军营中的随军大夫。
在军营中，吴三姑救治了很多伤员，这让她很受士兵们尊敬与爱戴，从此吴三姑就成了军营中的女菩萨。
后来随着太平天国运动的失败，淮军开始裁军，被遣散的乡勇离开了军营。
这时候，已经进入官医院的吴三姑主动请辞，她以年岁大了为由回家养老，于是回到了南岭县城。
吴三姑离开的时候，官府还是赠给她很多奖励，她用这些奖励的银两在南岭县城建了房子，吴家的族人从此就在南岭县城这里住了下来。
吴三姑一生没有婚嫁，后来她的一位家族侄子吴恩隆过继给她做了养子，于是吴恩隆就成了吴家中医的传人。
吴家中医到了吴恩隆孙子吴世杰这一代，正赶上军阀乱战的时期。为了躲避战乱，没办法吴世杰带着一部分家人逃到了乡野三里村这里。
虽然躲到了乡下，不过军阀还会到村子里抓壮丁，于是吴世杰便躲藏在白云寺才逃过一劫。随后吴世杰把随身携带的腊封药丸盒交给了白云寺的住持，他告诉寺院住持，等着日后太平盛世的时候，吴家中医的传人到寺院结缘的时候再让后人取回，而寺院住持也是答应下来。