景福二年（893年）七月，李茂贞上疏朝廷表达不满，言辞极其不逊。
他在奏疏中辱骂昭宗，称昭宗虽贵为万乘之君，却眼看着杨复恭把亲舅杀了都毫无办法；虽号称九州之尊，却连杨复恭这个叛阉都无法诛除。还说昭宗看人下菜碟，只看强弱、不分是非。最后竟威胁昭宗，说要兵谏长安。
年轻气盛的昭宗咽不下这口气，决意征讨李茂贞，让宰相杜让能全权办理。
杜让能知道凭借此时国力根本打不过李茂贞，耐心劝昭宗：“您刚刚即位，国事还未完全稳定，李茂贞近在咫尺，臣以为此时不宜与他交恶，万一战败，后悔可就来不及了。”
昭宗激愤的说：“皇室日渐卑微，号令不出国门，这是令每个忠于大唐的志士深感悲愤痛苦的事。我不想做个懦弱君王，眼看着天下倾颓，却只能浑浑噩噩度过余生。卿只需为我征调士兵、供应粮草，我委派各位亲王带兵征讨，不论胜负与否，都不会怪罪于你！”
杜让能说：“陛下如果一定要战，应召集所有大臣齐心协力实现志向，不应只托付臣一人。”
昭宗答：“卿位居宰辅，理应与朕同甘共苦，就不要再推脱了。”
杜让能哭着说：“臣岂敢推脱！何况陛下要做的事，也是宪宗当初的志向。只是目前时机未到，形势不允许。我只怕即使受到晁错那样的诛杀，也不能消弭乱国的祸事！您既然这样说，我怎敢不奉诏而行，不过以死报国而已！”
昭宗见他同意，便将他留在中书筹划调度，一个多月没有回家。
宰相崔昭纬暗中勾结李茂贞、王行瑜，甘愿充当他们的耳目，杜让能早上在朝堂讲的话，晚上便能传到李茂贞那里。
李茂贞得知了昭宗计划，派他在长安的党徒纠集数百市井流氓，拥到神策军中尉西门君遂面前诉苦：“李帅无罪，不应讨伐，致使百姓受苦。”
西门君遂推脱道：“这是宰相的事，与我无关。”
这些人又去拦截宰相崔昭纬、郑延昌，两位宰相把责任都推到了杜让能身上。为了把戏演得更逼真，体现百姓的愤怒，这些人用石头瓦块砸击宰相轿子。崔、郑二人慌忙躲入百姓家中，狼狈的把官印和朝服都丢掉了。
谁知这出戏不但没吓住昭宗，反而彻底激怒了昭宗。一边派人在城内捕杀牵头闹事的人，一边任命覃王李嗣周为京西招讨使，抓紧做好进攻准备。百姓得知又要打仗，拖家带口逃入山谷避难。
九月初十，李嗣周统率三万禁军，武装护送徐彦若赴凤翔上任，屯驻于兴平（陕西咸阳兴平）。
李茂贞、王行瑜得到消息，联兵六万进至周至（西安辖县）拦截。
此时的禁军，都是些新近招募的市井少年，缺乏训练、未经战阵；而李茂贞、王行瑜所部均为身经百战的精兵悍卒。两下相较，优劣立显！
九月十七日，李茂贞、王行瑜进逼兴平，禁军还未交战便望风溃散。李茂贞等乘胜进攻三桥（陕西西安未央区三桥街道，在西安北），引发京城震恐。
崔昭纬忌恨杜让能贤良，派人告诉李茂贞，出兵的事不是昭宗本意，完全出自杜让能。
九月十九日，李茂贞全军集结临泉驿——位于长安城西十里，唐时为京西第一驿，——上疏列举杜让能罪状，恳请朝廷将其诛杀。
杜让能对昭宗说：“臣之前就已说过要以死报国，事已至此，请让臣承担所有罪责，用以解除危难。”
昭宗悲愤难忍，哽咽着说：“我与卿诀别了！”
当天，杜让能被贬为悟州刺史。
昭宗清楚杜让能是忠臣，此事完全是由于自己的执拗，与杜让能无关，还想尝试着挽救杜让能。
九月二十日，昭宗亲临安福门，斩杀了神策军中尉西门君遂，以及枢密使李周潼、段诩。派使者告诉李茂贞：“迷惑朕出兵的是这三人，朕已将他们全部斩首，与杜让能无关。”
按理说堂堂天子都已服软了，互相给个台阶就得了！但李茂贞始终不松口，坚持要杀掉杜让能。崔昭纬也在昭宗面前不断挑唆，昭宗无法，只得违心赐杜让能自尽。
从此以后，朝廷一举一动都须向李茂贞、王行瑜禀报，并按他们意图行事。南牙（文官）、北司（宦官）均依附二镇，昭宗彻底沦为摆设。
十月，诏令李茂贞为凤翔节度使兼山南西道节度使、中书令，李茂贞坐拥凤翔、兴元、洋州等十五州之地。
史书称赞昭宗“英明果决”，从这件事上看，他根本配不上这四字评语，只能算是莽撞冲动、不计后果。
在形势不利的局面下，他不懂得韬光养晦、伺机而动，却尽逞些匹夫之勇，不仅害死了忠臣杜让能，还让局面变得愈发被动。
冲动是魔鬼，只会让事情变得更糟更坏，怎能不慎之又慎！