在前进道路上，偶然在一片温泉池附近，便打算在这里休息一下，在这里还遇到一朵螺旋状的奇花。据路卡利欧介绍，这朵花叫做时间之花，可以让会使用波导的人看见时间的奇迹。
小智听到后便在这朵花里注入波导之力，时间之花瞬间绽放开来，其中展现的正是天宇等人驾驶着喷火龙飞到这附近的画面，看到其中的画面影像，众人直呼不可思议。
等休息的差不多了，众人再次骑上喷火龙出发，终于在太阳落山之前赶到了世界初始之树脚下的山谷。
众人来到山谷附近，路卡利欧不由瞪大双眼。因为这个地方他太熟悉了，当年他就是在这个地方被封印的。
得知这一消息，众人都很意外，天宇注意到不远处有一朵时间之花，便提醒路卡利欧，说不定那里面就有你想要的答案。
路卡利欧听后便来到时间之花附近，往这其中注入波导之力，很快有一段画面展示在众人眼前。
画面里，亚朗拿出勇者之杖丢向路卡利欧，勇者之杖被插在路卡利欧面前，紧接着勇者之杖上面的水晶闪出耀眼的光芒。随着光芒一闪而过，路卡利欧被封印在其中。之后亚朗骑上比雕，朝着世界初始之树的方向前进。
在亚朗走后，地面开始震动，无数神奇宝贝从不远处冲向王城。
看到这里，路卡利欧再也忍不住了，一气之下便使出波导弹攻击影像。但影像毕竟是影像，路卡利欧再怎么努力都打不中，无意间的攻击倒是打向了小智。好在小智的喷火龙就在身边，一发龙之怒打破了波导弹。
尽管如此，路卡利欧看向小智的眼神也彻底变了，显然他已经将对亚朗的怨恨转移到小智这个后人身上了。
“路卡利欧，冷静一下，事情还没有到最后一刻，这还不能证明亚朗背叛了你！”
“没错，路卡利欧，既然亚朗的目标是世界初始之树。那等我们到了那里，一切都会真相大白。”
在天宇和小智的不断劝说下，路卡利欧才逐渐冷静下来，之后便沉默不语，跟随众人继续出发。只不过刚刚来到世界初始之树附近，已经有一位守护者前来阻止他们前进了。
精灵：雷吉洛克
属性：岩石
招式：破坏死光、锁定。。。
等级：125
特性：恒净之躯
资质：二级神
这只雷吉洛克应该是梦幻创造出来守护世界初始之树的守卫，见到天宇等人到来，二话不说便使出了破坏死光。
天宇和小智见状，分别让自己的喷火龙用龙之怒迎击，俩只喷火龙同时出手，居然只能勉强打平雷吉洛克。好在路卡利欧及时使出，暗中使出波导弹命中雷吉洛克。
趁此机会，天宇一行人迅速穿入到洞穴当中，一路上到处都是奇特的水晶。在路上，路卡利欧听到了雷吉洛克的警告，命令他们立刻离开这里，否则就要给予他们处罚。不过此刻他们还没有找到皮卡丘梦妖，自然不会轻易离开。
而此时的皮卡丘和梦妖，俩只神奇宝贝正和梦幻在世界初始之树的顶端一起玩耍。
穿过洞穴之后，里面是一片不同于外界的世外桃源。各式各样的神奇宝贝在里面生存，不过天宇用系统查看的时候却没有任何资料。仔细想想也正常，毕竟这里面的一切都是由梦幻创造出来，想必也不能用来收服。
此时琪朵戴上特制眼镜，开启摄像头，确认他们现在所在的位置是世界初始之树正下方。并且她还找到了皮卡丘和梦妖的位置，就在世界初始之树的正上方。
得知皮卡丘的位置后，小智便要去寻找，不过被天宇拦住了。让他先等一等，到时候他和小智一起去。
紧接着琪朵又拿出了小型飞行器，想要一探究竟，不过还没有启动就被天宇没收了。
“我警告你，这里是世界初始之树，那怕是里面的水晶都拥有生命。如果你敢在这里乱来的话，到时候我们全都要死在这里。”
天宇可没有忘记，原着中就是因为这人操控飞行器，才惹怒世界初始之树，害得他们遭受攻击。
一而再再而三的被天宇阻拦，琪朵已经忍不住要发怒了。这时候天宇手中所有的传说神奇宝贝全都自己跑了出来并将琪朵围住，好像她敢再乱动一下，他们便会毫不犹豫动手。
琪朵不禁咽了咽口水，天宇的神兽们再次怒吼，路卡利欧也用心灵感应告诉琪朵他们在说什么。
“他们在提醒你，世界初始之树是所有人类和神奇宝贝都不可冒犯的圣地。如果你敢在这里乱来的话，那么你将要面对的是世界上所有神奇宝贝的怒火。”
路卡利欧话音一落，就连琪朵自己的玛狃拉也跑了出来，连忙劝说自己的训练家不要乱来。
听闻此言，琪朵连忙将所有仪器收起来，很明显他们不是开玩笑的。而就在这个时候，雷吉洛克出现在众人面前，而他的身旁还有另外的两大神柱。
精灵：雷吉斯奇鲁
属性：钢
招式：合金爪、破坏死光。。。
等级：125
特性：恒净之躯
资质：二级神
精灵：雷吉艾斯
属性：冰
招式：急冻光线、集中猛击。。。
等级：125
特性：恒净之躯
资质：二级神
三神柱齐聚，凭借天宇手中的神奇宝贝恐怕难以应对。不过好在这一次三神柱没有出手，毕竟这里是世界初始之树底端，他们也不敢随意动手。而是再次警告天宇一行人，让他们赶快离开。
天宇也没有乱来，而是让小智和路卡利欧运用波导之力配合自己联系梦幻，只要梦幻来到这里，一切问题都能迎刃而解。
听到天宇的话后，小智和路卡利欧同时释放波导之力，借助这股力量，天宇运用凤王的力量进行媒介，众人联系到了在高处与皮卡丘和梦妖玩耍的梦幻。
感受到天宇的气息，梦幻迅速用瞬间移动将皮卡丘和梦妖带到天宇身边。
“皮卡丘！”
“皮卡皮！”（小智！）
皮卡丘和小智见面后便紧紧抱在一起，天宇的梦妖也在这时候冲入到天宇的怀里，天宇也将其紧紧抱着。而此时的梦幻也来到三神柱面前，证明天宇等人对世界初始之树并无恶意，三神柱才离开这里。
在三神柱离开后，梦幻也来到天宇面前，亲密的蹭着对方。天宇也摸了摸梦幻的额头，紧接着问道。
“梦幻，其实我们来这里不光是为了寻找梦妖和皮卡丘，不知道你认不认识千年前的波导勇者亚朗？”