双方至此完全撕破脸面，拉开了1603年马尼拉大屠杀的血腥大幕。
菲律宾总督唐.佩德罗.德.阿古纳终于集结好了他的正规军部队，加上为数几千的邦邦牙土着兵，还有数百日本浪人武士。在各殖民点的教堂，也开始给西班牙平民殖民者分发武器，组建殖民者民兵。
当天上午十点，从通多赶来的五千多名华人包围了西班牙军队上尉马奎那的住家，这个首先对华人屠杀的军官。华人们动手点火烧屋，马奎那上尉全家六人包括两名幼子在内统统被杀。上尉还被华人起义者斩首，首级插在了庄园大门口的木柱上。
此刻，由于意见不统一，留守涧内和比农多的华人在一处教堂固守，人数将近上万。菲律宾总督下令西班牙军队发动反击。
涧内华人总管黄康的儿子，黄达(教名安东尼)，他在教堂里鼓动华人基督徒反抗，而他的父亲还在为西班牙人和华人之间的和平到处斡旋。
比农多成了西班牙军主力的攻击目标，黄达的部众被击溃，比农多被西班牙人收复。
为了取得粮食，另一批华人起义者向通多沼泽北部一处缓坡上的德尔.蒙塔修道院发动进攻，西班牙军队在修道院门口列阵，占据了地利。奥古斯丁修会的修道士们和西班牙士兵一样，手持武器向蜂拥而来的华人起义者射击，并且用两门炮猛烈轰击散乱的华人队伍，密密麻麻的华人被一片片打倒。
这是单方面的屠杀，摆好了阵型的西班牙军打败了缺乏火器的华人。在往后几天的混战中，华人战斗人员几近两万，一度在通多沼泽地里击败了一支西班牙正规军讨伐队。
10月4日，前任菲律宾总督达斯马里纳斯上校不顾劝阻，带着百余人深入沼泽地带搜剿华人。华人们埋伏在沼泽地水草丛中，以不顾一切地贴身肉搏抵消了西班牙人火枪的威力，将西班牙士兵杀死在沼泽地里。
其中，战死在沼泽地的有马尼拉大主教的侄子佩德罗.德.贝纳维德斯，他被华人抓住，抱手拉脚把他的头往泥水里摁，活活被沼泽地的泥浆憋死了。
前任菲律宾总督之子达斯马里纳斯上校曾经带队在巴石河北岸无情截杀华人，因此，华人们针对上校的复仇打击又多又狠。口吐鲜血的上校拼命挣扎，奇迹般冲出人群，然而，在他面前的是更多愤怒的华人。上校歪歪扭扭走了几步，跪倒在泥浆中，在胸前画着十字，一边吐血一边口念祈祷文。一名剃着了短发的华人基督徒走上前来，毫不犹豫用大棒击中了上校的后脑勺，打断了达斯马里纳斯上校和上帝之间的心灵交流，直接送他去见了上帝。据说，这个华人基督徒是种植园大屠杀中唯一的幸存者。
西班牙帝国的前菲律宾总督，曾竭力鼓吹侵略中国的路易斯·佩雷斯·达斯马里纳斯上校，和他的父亲一样，也成了华人的手下亡魂。（其父亲戈麦斯也曾经是总督，被华人潘和五起义部众在海上打死）上校成了一具尸体后，立刻被斩首，首级被高高插在一根西班牙长矛上，周围都是欢呼胜利的华人起义者。
不久后，五百日本浪人冲入涧内烧杀抢掠，马尼拉城的大炮也轰击涧内，还留在涧内的华人都是富裕户，不愿意冒险参加起义，但还是被日本人的烈火和刀剑全数杀死。
10月6日，黄达带领的人和众多的华人汇合后，发动了对马尼拉城的进攻。华人们冒着炮火彻夜进攻，但因守城西班牙人有火炮火枪，马尼拉王城被华人们建设得很高大坚固，华人在城下死伤惨重，两天后不得不退守郊外。
西班牙人再次从外岛召集两百多名西班牙，以及两千名邦邦牙土着战士，配合五百名日本町的日本浪人，开始全面反攻。乌合之众的华人这时开始犯不团结的老毛病，内部意见不一，还在基督徒和非基督徒之间、漳州籍和泉州籍之间闹内讧。
华人首领黄达在内讧中被杀。
西班牙人再次攻入比农多，残余的华人基督徒全数被杀，唐人街总管黄康在比农多的家也被土着兵一把火烧掉。黄康的妻子女儿和小儿子事先已经在屋内上吊自杀，她们的遗体悬挂在屋内，和自己的家一起被大火化为乌有。
华人基督徒大约还有100多名躲藏在比农多的圣方济各会教堂内。他们去马尼拉投降西班牙人，却被大炮打了回来，乘战场上一片混乱躲藏到了这里。听到四周的枪声，他们涌出了教堂，跪在教堂前举着十字架向西班牙人乞求宽恕。
宿务土着兵们的长戟短矛丝毫未受十字架阻扰，很快这些华人基督徒就被一一杀死，土着兵还一把火把剩下的那些躲在教堂内的华人基督徒统统烧死了。
此后，华人队伍处于群龙无首的混乱之中，大多数人穿越沼泽区退往八达雁海滩，华人们叫大仑山。西班牙军队追击到那里，在八达雁海滩屠杀了最后一批坚持反抗的华人。华人们在海边背靠大海抵抗到底，无一人向敌人求饶。
马尼拉大主教给西班牙皇家的报告中记载了余下华人起义者的结局：
阿兹奎塔少校的邦邦牙土着步兵部队，赶上了另一队混乱的华人逃亡队伍，在通多教堂附近将他们集体屠杀了。
有一批华人拼死突围，想再次逃亡到沼泽地营地去避难，然而已经迟了。由于华人战败的消息已经传开，原先抱着观望态度的他加禄土着也开始攻击华人，他们抢在华人前面攻占和烧毁了通多沼泽营地。
向北撤退的华人中的最后一部分，大约有400多人，于攻打马尼拉城失败后的第3天，在沼泽地边缘集体自杀了。
另一路逃往巴勃罗地区的华人队伍约6000余人，愤怒的人们在途经的地区，把所有西班牙人的教堂、修道院、和其它建筑统统付之一炬。留下了一路的废墟。西班牙上尉维拉斯科追杀华人，大批土着兵冲入树林中，却被华人们用最原始的武器-木棍打了出来。跟在土着兵后面的西班牙正规军士兵毫无防备，因为贪图华人随身携带的财宝，只顾着在华人尸体上收集财物，先是被一些在树林里挖芋薯的华人突袭，又被打退了土着兵的华人攻击，当场被打死了几十人。
维拉斯科上尉大怒，调来了几门小炮冲着树林轰击，然后让所有士兵放火烧山。此时季节已近菲律宾群岛的旱季，大火很快吞没了整座山。
西班牙军队在山脚下列阵以待。但是，一直到大火因烧尽树木而熄灭，还是没有一个华人从火海中逃出来求饶投降，他们和整座山的树木一起化作了灰烬，宁死不降。
唐.佩德罗.阿库纳总督在皇家马尼拉法院里向所有西班牙殖民者发布命令：本殖民地所有省份的省长们，就地解决当地的所有生理人，不准放过一个。
总督的命令被执行了，马尼拉城少数被同情者保护起来的华人在一个上午的时间内全部被杀了。有在街头被绞死，有在保护者家中被杀，有被保护者押送到了马尼拉监狱，最终被绞死在市政广场上。
马尼拉大主教贝纳维德斯组织了圣像游行，庆祝战胜中国人。城里城外每天都有人抬着圣像唱着圣歌的四处游行，传教士们不知疲倦地组织着感恩游行。
被关在圣地亚哥堡地下水牢中的原涧内华人总管黄康，在几天后被马尼拉皇家法院以叛乱罪判处绞刑。临死之前，他拒绝了马尼拉大主教贝纳维德斯给他忏悔；他看清了大主教的真面目，指责大主教贝纳维德斯是挑起战争的罪魁祸首。然后，黄康自己走上了绞刑架，不再向西班牙人的上帝祈祷，他应该在心中向遗忘了许久的妈祖娘娘祷告：死后要能和自己家人团聚在阴间。
到这一天为止，菲律宾西班牙殖民地内，一个活的中国人都没了。三万余中国人抛尸异域，在最后，《明史》用了五个字对此事进行感慨:“竟不能讨也。”就是大明朝拿西班牙一点办法都没有。
但是那些战死的、自杀的华人们没有白死，他们不屈的灵魂呼唤中，王鼎来了。