收服杰尼龟后，小智一行人的队伍愈发壮大，他们怀着对未知的期待，继续朝着彩虹市迈进。一路上，杰尼龟兴奋得不得了，时而跟皮卡丘在草地上追逐嬉戏，时而和小火龙、妙蛙种子交流着新旅程的见闻，稚嫩的欢叫声给旅途增添了不少活力。林如雪时刻留意着周围，通过特殊方式，将细微的环境变化和潜在危险传递给小智。
当他们踏入彩虹市时，被眼前美轮美奂的景象震撼了。整座城市像是被大自然打翻了调色盘，色彩斑斓。街道两旁繁花似锦，高大的藤蔓缠绕着建筑向上生长，花朵肆意绽放，浓郁的花香弥漫在每一处角落。行人们悠然自得，身边跟着各种各样可爱的宝可梦，处处洋溢着和谐与美好。
然而，平静之下却隐藏着危机。他们发现街道上的气氛有些异样，人们神色匆匆，脸上带着担忧。原来，彩虹市的生态平衡遭到了破坏，大量的昆虫宝可梦开始失控，袭击路人，破坏城市设施。罪魁祸首是一位疯狂的科学家，他为了研究宝可梦的进化，使用了一种不稳定的药剂，导致昆虫宝可梦性情大变。
小智一行人决定帮助彩虹市解决这场危机。他们来到城市边缘，这里聚集了许多发狂的昆虫宝可梦，大针蜂在空中盘旋，发出尖锐的嗡嗡声，独角虫和铁壳蛹在地面上横冲直撞，所到之处一片狼藉。
“看来我们有一场硬仗要打了。”小智皱着眉头，表情严肃地说道。
小刚观察着局势，分析道：“这些昆虫宝可梦数量太多，而且攻击性很强，我们得想个周全的计划。”
小霞点头表示同意：“没错，不能盲目进攻，得先找到它们的弱点。”
林如雪在小智脑海中迅速思考，说道：“昆虫宝可梦大多对火、飞行和岩石属性的攻击比较脆弱，我们可以利用这一点。而且，它们现在是被药剂控制，失去了理智，攻击没有规律，我们要想办法让它们冷静下来。”
小智心中有了主意，他派出了小火龙和妙蛙种子。“小火龙，使用喷射火焰，制造一道火墙，阻止它们靠近；妙蛙种子，用催眠粉让靠近的宝可梦安静下来。”
小火龙深吸一口气，嘴巴大张，喷出一道熊熊燃烧的火焰，在众人面前形成了一道火墙。炽热的火焰让昆虫宝可梦们不敢轻易靠近，它们在空中盘旋，发出愤怒的叫声。妙蛙种子则晃动着身体，释放出粉色的催眠粉，随着微风飘散，一些靠近的独角虫和铁壳蛹吸入催眠粉后，缓缓闭上了眼睛，安静地躺在了地上。
然而，大针蜂们并不受影响，它们更加疯狂地朝着众人冲来。武藏和小次郎不知从哪里冒了出来，武藏兴奋地喊道：“这么多强大的昆虫宝可梦，要是抓住它们，肯定能卖个好价钱！大舌头，使用舔舌头攻击！”小次郎也派出了瓦斯弹：“瓦斯弹，用污泥炸弹把它们都解决掉！”
小智见状，立刻指挥皮卡丘和杰尼龟迎战。“皮卡丘，十万伏特攻击大舌头；杰尼龟，用水枪挡住污泥炸弹。”皮卡丘释放出强大的电流，击中了大舌头，大舌头被电得浑身发麻，行动迟缓。杰尼龟则喷出一道道水柱，将瓦斯弹的污泥炸弹全部冲散。
在混乱中，那位疯狂的科学家出现了。他看到自己的实验成果变成这样，有些惊慌失措。小智趁机上前，对他说道：“你不能再这样做了，你的实验已经给这座城市带来了巨大的灾难。”
科学家低着头，懊悔地说：“我只是想探索宝可梦进化的奥秘，没想到会变成这样。我有解药，或许可以让它们恢复正常。”
就在这时，一群大针蜂朝着科学家扑了过去。小智毫不犹豫地派出所有宝可梦，大声喊道：“大家一起保护他！”皮卡丘、小火龙、妙蛙种子和杰尼龟齐心协力，用各自的技能抵挡大针蜂的攻击。
科学家趁机拿出解药，对着发狂的昆虫宝可梦喷洒。神奇的事情发生了，宝可梦们渐渐恢复了正常，它们不再攻击，而是纷纷飞走或爬走，回到了自己的栖息地。
彩虹市的危机解除了，人们欢呼雀跃，对小智一行人充满了感激。市长亲自为他们颁发了荣誉勋章，感谢他们拯救了这座城市。
带着荣誉和新的成长，小智一行人在彩虹市稍作休整，准备继续踏上旅程。他们知道，前方还有更多的挑战在等待着，但只要团结一心，就没有克服不了的困难。