这些铁御卫中的武功高手，将颜树魂妥妥当当地送入了皇宫。皇帝江华钦看见了颜树魂身上的铁枷锁，就要让人把这铁枷锁给卸了。江华钦的随身太监华左散提醒江华钦，说是此人武功高强，不得不防。但是江华钦很大度地说：“没关系，我相信颜神医此刻只是一个治病救人的大夫，而不是什么刺客。”于是铁御卫就真把颜树魂身上的铁枷锁给去了。而颜树魂也真的没有轻举妄动，诚如江华钦所言，此刻，他只是一个治病救人的大夫。
那个时候，孙寒堂大将军已被腰斩，其余诸将，也都在陆续斩杀之中，颜树魂心中，可谓是悲痛欲绝，气愤难平。可是，他见到了皇上，却没有再喊冤，没有再多说一句，因为他知道，一切都是皇帝的旨意，多说何益？颜树魂他换了想法，他想活下来。只有活了下来，才能真正去想办法，为已经冤死的孙寒堂大将军洗冤翻案。
颜树魂走近贵妃床榻，准备为贵妃诊治，皇帝江华钦就命闲杂人等全部退出。铁御卫们都是男人，当然也要全部退出。颜树魂就那样近在皇帝江华钦的身旁，他只要使出一招什么杀招，就能立刻杀死这个皇帝江华钦，但是，颜树魂他克制着自己，叫自己别这么做。因为，在他心里，莫名生出了一种奇怪的想法，那就是：“孙寒堂大将军一案，应该远没有看起来的这么简单。”而具体复杂在哪儿，颜树魂他又说不上来，这只是一种直觉。直觉告诉他，事情的背后，应该还有其他故事。所以，他没有刺杀皇帝，给孙寒堂报仇。而皇帝江华钦就在颜树魂身边，他也毫不惧怕颜树魂会不会搞什么突然袭击，似乎是很信任颜树魂的医德。颜树魂就这样，真的给贺贵妃看起了病。
贺贵妃得的是一种突然腹痛之症，用这世间的寻常医理，确实难以诊治。但是，颜树魂少年时，曾饱览过家中书库密柜里的那些怪书。他在那些怪书中，学到了一点东西，有些是他能理解的，有些是他不能理解的。他在那些怪书中所能够理解到的东西也并不多，但是也够用了。颜树魂判断，贺贵妃得的，应该就是一本怪书上所说的急性阑尾炎一症，而那本怪书上，恰好就有治疗此病的中医方法。于是，颜树魂就先施以银针，给贺贵妃止痛，然后，开出药方，让太监迅速去煎药。药汤煎好之后，宫女前来喂贺贵妃喝下。贺贵妃喝下药汤半个时辰之后，竟然疼痛退去，神智清醒，面色由惨白转为了红润。皇帝江华钦大喜过望，对颜树魂的医术是赞不绝口。
颜树魂就这样在皇宫中待了半个多月，他每日前去贺贵妃所在的喜芳宫中，为贺贵妃把脉、针灸、开药。贺贵妃的身体一日好过一日，病痛渐渐完全消去，饮食也恢复了正常。颜树魂医治了贺贵妃半个月，然后，停药两日，看贺贵妃病情有无反复。贺贵妃一切都好，身体无恙无痛。于是，颜树魂就向皇帝禀告，说贺贵妃已经痊愈。皇帝江华钦看贺贵妃痊愈，心中无限欣喜，就赦免了颜树魂所有的罪，让他进宫当御医。但是颜树魂向皇帝请求，让他回到家乡，回到民间，去给老百姓们治病，悬壶济世，救死扶伤。皇帝江华钦考虑了一下，便答应了颜树魂。皇帝还要赐颜树魂黄金千两，但是颜树魂不要。颜树魂就这样，离开了圣都，回去了家乡。
但是，颜树魂已经在圣都中得到赦免的这个消息，还没有及时地传回到他的家乡理秦县安星镇。理秦县上的县太爷，他所知道的消息，还是一个多月前的，他只知道颜树魂参加谋反，判了死刑。这个县太爷是个昏官，他想借机立功，向上表明他治理地方勤勉，且忠君爱国，于是他就把颜树魂的儿子和儿媳妇给抓了起来，无缘无故地严刑拷打，让他俩承认自己也是谋反事件中的一员。颜树魂的儿子和儿媳妇什么也没弄明白，莫名其妙就被屈打成招，在供词上画了押，承认了自己是反贼。县太爷择日就要将他俩斩首示众。
而就在颜树魂的儿子和儿媳妇被押上刑场，要斩首示众的那一天，颜树魂恰好是回到了家乡理秦县。他听说了儿子儿媳妇即将被斩首的消息，心急如焚，快马加鞭就赶到了刑场。他拦住刽子手，向县太爷表明身份，说明情况，希望县太爷能收回成命，不要滥杀无辜。但是县太爷哪里会相信他？县太爷命人把颜树魂给一起抓了。颜树魂是又气又急，于是干脆就大闹刑场，大开杀戒，与县太爷手下那帮混蛋衙役打打杀杀了起来。那些衙役又怎么可能是颜树魂的对手呢？他们自然是死的死、伤的伤。反倒是那个刽子手武功不错，拿着砍人头的大刀与颜树魂大战了十几个回合，最后当然也是被颜树魂给一掌拍死了。颜树魂救出了儿子与儿媳妇。县太爷也调来了县兵，让县兵全城搜捕颜树魂一家。颜树魂带着儿子和儿媳妇是东躲西藏，前路茫茫。这样的日子大概是过了有半个多月，这位昏庸的县太爷，才是得到了从圣都传来的消息，知道颜树魂确实是被皇上给亲自赦免了。而且这县太爷还知道了，是颜树魂救了贺贵妃，救了当朝丞相贺长昼的亲妹妹。这个县太爷立马就害怕了。他想，这颜树魂不仅不是个罪人，还是个救了皇上爱妃的有功之臣哪。于是他就立刻收了县兵，想方设法地找到了颜树魂一家的藏身之所，去亲自向颜树魂道歉，希望颜树魂能饶恕他。颜树魂面对如此昏官，本想一掌劈死他，但是，这县太爷毕竟也是朝廷命官，杀了他就又得惹事上身。况且在刑场一战中，他也出于气愤杀了不少人了，造了杀孽，颜树魂不想再杀人。于是，颜树魂就手一挥，让这个县太爷滚蛋。县太爷真的就滚了。
而颜树魂，就也带着儿子儿媳，回到了阔别已久的家中。