一
刘裕既克赤岸要地，荆州兵望风西逃，遁入巴陵城中。此时荆州诸郡兵已皆集巴陵，有众十余万，而皆不愿战，遂闭门而守。刘裕乃命大军于城外扎营，一面命人射入书信诱降，一面遣将率众防守浃口，阻鲁宗之自夏口西上。
鲁宗之率军至夏口，闻刘裕已克赤岸，荆州兵奔溃西走，乃旋师返襄阳。刘裕斥候得知鲁已返旆，自然报至巴陵。裕乃复以鲁已遁逃，诱说巴陵敌军。
巴陵城中诸军得知鲁宗之已遁，不禁惶恐，诸统郡兵太守皆欲走。停二日，城外东军虽未露攻城意，城中诸军大不安，遂于子夜开城门宵遁。
刘裕入驻巴陵城，一面遣将率大众攻江陵，一面遣军绥靖荆州诸郡。司马休之深感大事已去，而鲁救不至，乃率亲兵奔襄阳。休之既去，江陵不战而降。休之与鲁宗之闻讯，弃襄阳奔关中，投姚兴而去。刘裕遣军至襄阳，襄阳亦不战而降。
二
荆州诸郡皆降，唯长沙太守萧鎋老耄且病，其子副子虽掌郡兵，城中大族虞、刘、吴、欧阳氏诸家主，却以为谯王数代忠义，自昔闵王司马承为湘州刺史，虞悝兄弟辅之守长沙城以来，长沙号为忠义，荆刺司马休之既闵王之后，当为之守城，乃联合以家兵胁迫郡兵，不使太守萧鎋降。东军围城数日，萧鎋急病攻心而卒，副子秘不发丧，夜开建湘门迎入湘水上泊舟之东军，长沙遂平。晋廷以萧副子心向朝廷，即以之继其父为长沙太守。
荆州既平，襄阳雍州兵除一部本随鲁宗之南来，故仍随其北奔关中，荆襄一时安定。只司马休之与鲁宗之含恨不服，以自身于南夏荆雍二州有故谊，怂恿秦主姚兴发兵助阵，欲倚秦力夺取荆襄。姚兴以二人为可用，遂以休之为镇南将军出镇汉中，用以威胁益州；以宗之为平东将军镇魏兴，以压襄阳。
幸秦境内亦不靖，刘卫辰仅存之子勃勃，年前已代其岳父为秦岭北镇将，以姚兴嫁女其仇敌北魏之嗣主拓跋嗣，叛秦。数年前勃勃自拓跋珪屠刀下脱逃，初依秦岭北镇将叱干列，列爱其人材出众，嫁以女；后勃勃坐大，竟于酒宴攻杀列，遂控岭北。姚兴欲倚其防卫北魏，竟便以为岭北镇将。至魏主拓跋珪死于长子绍手，次子嗣平乱继位，秦魏和亲，勃勃大怒，遂叛秦，自号大夏天王，改姓赫连，命列侄阿利营建统万城于岭北，以为其都。
而秦主姚兴宠庶子广平王弼，以为大将军，弼遂有夺嫡之谋。弼阴谋败露，兴不得已平叛，倚二弟绪、绍为帅，庶子恢等为将，历数月乃平。关中扰动，赫连勃勃乃乘隙，骎骎然南下劫掠。不久姚兴病亡，年仅十七之太子泓继位，幼弱不刚，其镇守要地诸庶兄不服，秦国内乱。
刘裕于建康闻，便与公卿商议伐秦。左将军刘穆之等随裕起事反桓玄诸大臣，自然赞成。大司马琅琊王司马德文与太宰武陵王司马遵欲不许，德文道：“国家甫平荆州，民生疲惫，且秦主姚兴新死，‘礼不伐丧’，……”
裕打断道：“姚兴新亡，虽道‘礼不伐丧’，然姚氏本国家所封，姚襄反复，其弟姚苌，遂乘苻坚败于淝水，而窃有关中，传位兴以来，历来不服王化。昔年伐慕容超，兴竟以兵出洛阳相胁！是而可忍，孰不可忍？今叛臣休之及鲁宗之在秦，日夜窥伺，而兴子姚泓新立，主少国疑，诸侯不服——铁弗匈奴在其北，卢水胡沮渠蒙逊在其西，皆窥伺关中，秦人自当分兵守其西与北，王师正可以乘隙也！天予不取，反受其祸，岂可错失良机哉？”
于是晋廷决议来年伐秦，以太尉刘裕为元帅，都督南徐、南兖及荆、豫诸州兵，定期明年夏水涨出师。裕遂与刘穆之议定，仍与西征荆州时一般，以穆之留守，主持太尉留府事，监视朝廷，为前方输送粮草。
裕又与穆之议诸路将帅。穆之道：“北府诸将檀道济、傅弘之，及吴兴沈田子、林子兄弟，皆可为将帅。王镇恶王猛之孙，出自关中，有勇有谋，今伐秦，实先锋将不二之选！”
裕道：“亡族舅渭阳公嗣子长沙太守萧副子，于长沙城受迫于诸大族不得迎王师，而渭阳公亡故之际，强忍悲痛，秘不发丧，果断夜开城门迎入王师，亦可谓有勇有谋哉！且平卢、徐之际，副子率兵出巴陵江上，阻徐道覆西上江陵，亦是一功。渭阳公唯此一子，其兄颖士公之子乐子，死于苻坚南侵之役，今北伐光复中原，实吾二族舅在天之灵所盼！副子可为一军副帅。”
裕顿一顿，又道：“尚缺一前锋都督！”
穆之道：“桓玄反逆之前，王元德、仲德兄弟自北来，以出自太原王氏，故至浔阳投同宗王愉。愉以二人实出太原祁县，非其晋阳王氏同宗，且中原重宗族，南渡以来，宗族之义，于士族大家亦薄！故愉只视其为同乡来投，并不与叙宗祖辈分，视二人为寒庶慕名来投也！二人大失所望，遂至京口投明公。反桓义旗建，元德兄弟时皆已在都为桓玄官，不顾安危，慨然为明公刺探，且将于都中发难，元德乃因所谋不幸发觉而死难！仲德乃出都至京口，告明公都中已知义众所谋，当急发动！于是明公麾师西指，终平大寇。今论平桓之役，元德、仲德兄弟实为首功。而仲德嗣后，历任吴兴、会稽，讨平东方桓氏余孽，为方面大将，于军中素有威望。今伐河洛、关中，仲德既出身太原王氏，亲身南渡，以其为前锋都督，中原州郡因此，必知王师为仁者之师也。故仲德统前锋诸军，正是不二之选！”
于是二人议定，东路主力以王镇恶率万人为先锋，沈林子率五千人为其副，自彭城乘舟入泗水，溯流入汴渠，入黄河，向潼关；以檀道济为后继，率二万人随后。偏师以沈田子率四千人为帅，以傅弘之率太尉府中兵精锐千人，萧副子率长沙郡兵二千人，为田子军副，与王、檀共取洛阳之后，则兵出陕城向武关为南路。此王镇恶、沈田子、檀道济领衔之三路，皆统属征讨前锋都督王仲德。刘裕则自率大军十万，坐镇彭城，督促粮草，且继东路之后。